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1. 承运人错交货物的后果方面不同。海运单方式下，承运人对错交货物必须承担责任。而电放提单方式下，承运人对错交不负责任，当然承运人也必须做到尽职尽责。
2. 流通方面不同。海运单虽然不能背书转让，但有时在观念上有准可转让性。当然，托运人可改变收货人名称，但不能改变目的地。而电放提单一般不能转让。
3. 风险性不同。电放提单比海运单控货能力更强，风险更小。
4. 适用范围不同。电放提单可以适用于任何发货人和收货人，而海运单一般都是收发货人是一家公司(子母公司或者分公司)或者互为代理关系才会发，多用于货代同行之间。
5. 费用不同。海运单直接正常单证费即可，电放还需要额外电放费。
注意：海运单和电放提单有很多相同点，如下：
1. 作用基本相同。海运单与电放提单都是承运人签发的货物收据，都是运输合约的证明，都是为解决货等单的问题而产生的，对收货人安全，及时提货提供了便利。
2. 抬头相同。由于海运单与电放提单都不能流通转让，所以对收货人必须详尽标明。
3. 都不是收货人据以提货的凭证。两种方式下收货人都是凭提货单提货。
4. 对银行债权都无保障。银行不愿接受海运单与电放提单，这对卖方用L/C支付带来困难，除非买方向银行提供担保或提交押金。
5. 相对正本提单提货，海运单与电放提单都加快了单据流转速度，方便收货人收货。
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