若清关文件出现问题，货物有可能会被海关扣押。清关文件是海关审核货物合法性、确定关税税率等的重要依据，文件存在问题可能影响海关正常审查，具体情况如下：
文件不齐全：海关清关需要商业发票、装箱单、运输单据等基础文件，对于食品、药品等特殊商品，还可能要求提供卫生检疫证书、药品注册证书等额外文件。若这些文件缺失，海关无法有效验证货物信息，货物很可能会被扣押。
文件信息错误：清关文件上的商品描述、数量、重量、价值等信息必须与实际货物相符，且 HS 编码要准确无误。若申报价值过高或过低、数量重量虚报、HS 编码归类错误等，都可能引起海关怀疑，导致货物被扣留。例如将商品错误归类为受限或禁止进口品，会直接致使货物被扣押。
文件格式不符：部分海关对于电子文件的格式、文件语言等有明确规定，若未按要求准备，格式不合规的文件可能导致包裹被扣留。
文件未在有效期内：部分清关文件，如原产地证明等，有一定的有效期限制。若提供的文件超过有效期，可能会被海关拒绝接受，进而影响清关，使货物面临被扣押的风险。
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